Il fiume Isonzo nasce in Val di Trenta (Slovenia) da sorgenti poste a quota 935 e si sviluppa inizialmente nel territorio sloveno per circa 100 km; presso Gorizia entra in Friuli Venezia Giulia per poi dirigersi verso sud fino a sfociare nel mar Adriatico dopo aver percorso complessivamente 140 km.
Il suo bacino idrografico si sviluppa per circa 2/3 in territorio sloveno e il rimanente nel territorio regionale, per complessivi 3416 kmq.
Gli affluenti principali sono il Coritenza e l’Idria in territorio sloveno, il Torre ed il Vipacco in territorio regionale. Affluenti importanti nel sottobacino del Torre sono il Natisone e lo Judrio.
Nella sua parte montana l’Isonzo scorre in valli incise e substrati rocciosi, allo sbocco presso Gorizia si insinua nel proprio conoide di deiezione, delimitato ad est dal Carso triestino e a ovest dai conoidi degli altri corsi d’acqua tra i quali il più importante è quello del Tagliamento.
Nel percorrere questo tratto l’Isonzo disperde le proprie acque nelle coltri alluvionali, alimentando così le falde sotterranee che più a valle originano le risorgive.